Normalement c'est pas trop recommandé de toucher au mame.ini car chaque modification va impacter TOUS les jeux.
Alors que si tu passes par un ini, tu pourras adapter, fréquence, résolution, ddrw ou d3d, sync, etc, etc.... Mais sans que ça n'ait d'effets sur les autres jeux.
Après, peut-être que tu te prends la tête sur beaucoup de détails, pour avoir fait un paquet de box 15khz, en utilisant les pré-sets de VMmaker, ça fait déjà très bien le job

Dernier exemple en date à la HFS3, au tournoi 3.3 il y avait un joueur Jap invité (Rikimaru, la meilleure Chun-Li du monde), le soir dans la Guest-house il y avait une borne avec une HFSbox15k, effectivement il a constaté une légère différence de timing (mais cependant très minime) au niveau des graphismes il n'a rien vu du tout... Ca prouve bien que d'origine, le résultat est déjà très bon même pour un pro.
Cependant, si vraiment tu es un acharné du timing/fréquence, la seule solution est bien de te faire un ini par jeu, sur du Windows 7 et au mieux tu n'aurais qu'une frame de retard. Mais c'est beaucoup de boulot, est-ce qu'il te restera un peu de temps pour vivre et jouer?
La meilleure comparaison pour une box15khz/3000 in 1 ou l'excellent RPI2Jamma d'Aje, ça reste le couteau Suisse et la cuisine!!
Tu as plein de roms, plein de jeux, ça fonctionne plutôt très bien, sachant que l'émulation n'est pas fidèle à 100%, mais tu as un choix énorme! Comme toutes les différentes lames d'un couteau Suisse.
Alors que si tu veux cuisinier sérieusement, tu n'utiliseras jamais un couteau Suisse, mais différent ustensiles qui font chacun 10 fois la taille du couteau Suisse, qu'on peut également comparer à l'encombrement que prends une box par rapport au même nombre de jeu sur PCB

Si tu es un joueur occasionnel, c'est largement suffisant. Maintenant si tu veux vraiment poncer un jeu (2x, 3.3, Cave ou autre) ben y'à pas d'autre solution que de choper l'original!!!

Et même sans avoir un niveau de joueur pro, il est assez facile de se rendre compte qu'il y a toujours une différence de timing, si tu prends Ketsui qui est pourtant réputé comme étant très bien émulé, ben par rapport à la PCB, le vaisseau est plus "mou" en émulation, sur Mushihime-sama les ralentissements ne sont pas les mêmes, la zic se décale de temps en temps, Futari pareil...
Mais après au final, le mec qui finit Ketsui en original, sur box ou sur Xbox 360, au final il aura acquis un putain de niveau!!!

Sur du VS Figthing, par contre, autant directement partir sur le hardware d'origine car si tu te retrouves à vouloir faire quelques tournois, tu auras chopé des mauvais timing et ça sera très dur...
Un jeu original aura de toutes façon toujours plus de saveur que l'émulation, d'une part parce que ça fonctionne parfaitement, qu'il y a très peu de panne, tu allumes ta borne, tu joues, tu kiffes, tu joues, tu éteins.
Mais surtout, le point crucial est que le fait d'acquérir de l'original (à part des achat sur YAJ ou Ebay) te permets de rencontrer de vrais passionnés qui au fils des années deviennent plus que des connaissances mais de vrais amis!